v0.5.1: disable apply_patch in agents prone to append-mode failures

Root cause: apply_patch finds anchor lines in read-cached file state,
but file may have been modified between read and patch, causing stalls.

Changes:
- dr-verifier: disable apply_patch AND edit; force read-then-write protocol for evidence file appends
- dr-analyst: document write-preferred protocol for sources.jsonl appends
- dr-polisher: disable apply_patch; keep edit for small string replacements
- dr-editor-in-chief / dr-translator: disable apply_patch

Recovery procedure documented in dr-verifier for write failures.

projects/dual-target-rnai-pipeline-2026/phase1/interview.md

@@ -0,0 +1,86 @@
+# Phase 1 访谈记录 · dual-target-rnai-pipeline-2026
+
+- **访谈日期**：2026-04-21
+- **主导 agent**：dr-plan (Claude Opus 4.7)
+- **用户输入命令**：`/dr-init 双靶点RNAi药物研发进展和国内外在研管线`
+
+---
+
+## 1. 主题解析
+
+- 用户原始主题：**双靶点 RNAi 药物研发进展和国内外在研管线**
+- 生成 slug：`dual-target-rnai-pipeline-2026`
+- 项目根目录：`projects/dual-target-rnai-pipeline-2026/`
+
+## 2. 初始边界追问（dr-plan 提出）
+
+为厘清"双靶点"的语义边界，dr-plan 指出其可能的三种定义：
+
+1. 同一条 siRNA 链同时沉默两个基因（共价偶联/串联）
+2. 一个制剂中混配两条 siRNA（cocktail / fixed-dose combination）
+3. 多价 GalNAc 骨架挂载多条 siRNA
+
+并提出 8 个标准问题。
+
+## 3. 用户回答（原话记录）
+
+| # | 问题 | 用户回答 |
+|---|------|---------|
+| 1 | 研究类型 | **A — 综述类（≥10,000 字）** |
+| 2 | 核心受众 | **研发团队** |
+| 3 | 时间范围 | **近 5 年** |
+| 4 | 地理范围 | **全球对比** |
+| 5 | 必须回答的核心问题 | 国内外在研双靶点 RNAi 管线及关键技术壁垒，**尤其是序列合成、偶联化学等** |
+| 6 | 竞争/对比对象 | **全面分析，主要是分析这些公司工艺特点**，挖掘其中供应链的机会，例如**工业用酶原料、无细胞表达、固定化酶催化**等 |
+| 7 | 禁区 | **聚焦原理和工艺，不展开讨论适应症**，报告对象是**上游供应链** |
+| 8 | 字数期望 | **auto** |
+
+## 4. dr-plan 的关键解读（与用户对齐）
+
+用户真实诉求并非标准"药企管线研究"，而是**上游供应链视角的工艺解构报告**：
+- 表层：双靶点 RNAi 的研发进展与管线
+- 内核：通过管线倒推各家**合成与偶联工艺特点** → 识别**上游供应链机会**
+- 受众：上游原料 / 酶 / 工艺研发团队
+- 禁区：适应症与临床数据仅作进度标签
+- 字数：综述 auto = ≥10,000 中文字 / ~7,000 英文词
+
+此解读已在 Step 4 候选标题中显式化，用户选择候选 A 表示认可该定位。
+
+## 5. 候选报告标题（dr-plan 提议）
+
+### 候选 A（推荐 —— 用户最终选定 ✅）
+- **主标题**：《双靶点 RNAi 药物工艺图谱与上游供应链机会研究》
+- **副标题**：近 5 年全球在研管线的合成、偶联与酶催化技术路径解构（2021–2026）
+- 推荐理由：直接暴露"工艺图谱 + 供应链机会"两个核心落点；副标题把用户关心的工业用酶、无细胞表达、固定化酶全部框进去；时间范围显性化。
+
+### 候选 B
+- 主标题：《双靶点 siRNA 合成与偶联工艺深度综述》
+- 副标题：从全球在研管线反推上游酶、原料与规模化催化的产业化机会
+
+### 候选 C
+- 主标题：《双靶点 RNAi 产业链上游机会白皮书》
+- 副标题：工业酶、无细胞表达与固定化催化在下一代寡核苷酸药物中的卡位战（2021–2026）
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+## 6. 用户选择
+
+> **A**
+
+最终报告标题：
+
+- **主标题**：双靶点 RNAi 药物工艺图谱与上游供应链机会研究
+- **副标题**：近 5 年全球在研管线的合成、偶联与酶催化技术路径解构（2021–2026）
+
+## 7. 字数预算计算（按 length-budget skill）
+
+- 研究类型：综述类 → 基准 10,000 中文字
+- 字数模式：auto → 采用基准 × 1.2 作为目标（给后续发散空间），× 1.0 作为下限
+- **目标字数**：12,000 中文字 / ≈ 8,600 英文词
+- **最低字数**：10,000 中文字 / ≈ 7,150 英文词
+- 工作语言：English（Phase 2-3）
+- 输出语言：中文（Phase 4 翻译）
+
+## 8. 下一步
+
+- ✅ 已创建 `manifest.json`
+- ✅ 已创建目录骨架（phase1-4）
+- ⏭️ 等待用户运行 `/dr-frame` 触发 Phase 1 框架规划（双语大纲）