v0.10: add automated Codex orchestration and deployment check

docs/codex-usage.md

@@ -36,16 +36,42 @@ find .agents/skills -maxdepth 2 -name SKILL.md | sort
 uv run python scripts/dr.py status <slug>
 ```
 
+新机器部署后可以先跑自检：
+
+```bash
+uv run python scripts/deploy_check.py
+```
+
+如果隐藏目录缺失或 skills 没同步：
+
+```bash
+uv run python scripts/deploy_check.py --repair --force
+```
+
+默认自动化权限：
+
+- `sandbox_mode = "workspace-write"`：允许写入当前研究 workspace。
+- `approval_policy = "never"`：命令执行不逐次弹窗。
+- `web_search = "live"`：默认使用实时网络检索。
+- `[sandbox_workspace_write].network_access = true`：脚本和 MCP server 默认可访问网络。
+- Tavily / Brave / Exa MCP 默认启用，且 `required = false`，某个搜索服务临时不可用时不阻塞 Codex 主流程。
+
 ## Codex Commands
 
 Codex custom command templates 位于 `.codex/commands/`。在 CLI 中可以用 `scripts/dr.py prompt` 展开：
 
 ```bash
-uv run python scripts/dr.py prompt dr-frame dual-target-rnai-pipeline-2026
-codex exec "$(uv run python scripts/dr.py prompt dr-frame dual-target-rnai-pipeline-2026)"
+uv run python scripts/dr.py prompt dr-run dual-target-rnai-pipeline-2026
+codex exec "$(uv run python scripts/dr.py prompt dr-run dual-target-rnai-pipeline-2026)"
 ```
 
-建议流程：
+推荐入口是 `dr-run`：让 Codex 主线程进入 PM 模式，读取 manifest，判断当前应该继续哪个 phase，并在 Phase 2 主动调度 `dr-analyst` / `dr-verifier` subagents。用户不需要逐个执行每个 phase；只有 Phase 1 框架确认和 Phase 3 审校决策这类人类暂停点需要停下来。
+
+```bash
+codex exec "$(uv run python scripts/dr.py prompt dr-run <slug-or-topic>)"
+```
+
+分阶段命令保留为调试和人工接管入口：
 
 ```bash
 codex exec "$(uv run python scripts/dr.py prompt dr-init '<topic>')"
@@ -75,7 +101,7 @@ uv run python scripts/dr.py finalize <slug> \
 
 ## Subagent Usage
 
-Codex subagents 不会自动启动；主线程必须明确要求。例如：
+Codex 的平台限制是：subagents 不会仅因为 `.codex/agents/*.toml` 存在就自动启动，必须由当前主线程明确要求。`dr-run` 已把这个要求写进 PM prompt：Phase 1 会调度 `dr-plan` / `dr-searcher`，Phase 2 会调度 `dr-analyst` / `dr-verifier`，Phase 3 会调度 `dr-chief-editor`。
 
 ```text
 Spawn dr-searcher agents in parallel for four keyword groups, wait for all results, then synthesize phase1/initial-scan.md.
@@ -121,3 +147,30 @@ uv run python scripts/install_codex_adapter.py --force
 - `.opencode/skills/**` → `.agents/skills/**`
 
 安装后，在 Codex 中运行 `/debug-config`，确认 project `.codex/config.toml` 已加载。
+
+## Config Troubleshooting
+
+如果 `.codex/config.toml` 生效后启动报错，先按下面顺序排查：
+
+1. 确认当前 project 已被 Codex trust。未 trust 时，Codex 会跳过项目级 `.codex/**`，此时 `--profile deep-research` 会报 profile 不存在。
+2. Tavily / Brave / Exa MCP 默认启用但不是 required。若某个 server 启动异常，先确认对应环境变量存在，再临时把该 server 改成 `enabled = false`。
+3. 如果要完全离线排障，先把第三方 MCP 全部关掉，只保留 OpenAI Docs MCP 和内置 web search。
+4. 如果仍然报错，临时保留最小配置确认 Codex 主体能启动：
+
+```toml
+model = "gpt-5.4"
+model_reasoning_effort = "high"
+sandbox_mode = "workspace-write"
+approval_policy = "never"
+project_doc_max_bytes = 65536
+web_search = "live"
+
+[agents]
+max_threads = 6
+max_depth = 1
+
+[sandbox_workspace_write]
+network_access = true
+```
+
+这个最小配置只启用模型、沙盒、项目说明、web search 与 subagent 上限；确认能启动后，再逐个恢复 profiles 和 MCP server。