v0.12: stabilize search routing and profile-driven phase4 pipeline

.opencode/agents/dr-analyst.md

@@ -17,6 +17,8 @@ permission:
     "*": deny
     "wc *": allow
     "python3 *": allow
+    "uv run python scripts/search.py *": allow
+    "uv run python scripts/ground.py *": allow
     "mkdir *": allow
     "grep *": allow
     "cat *": allow
@@ -66,6 +68,15 @@ Read `projects/<slug>/phase1/framework.md` to understand the chapter's positioni
 - Round 3: Counter-evidence (search for limitations, failures, controversies)
 - Round 4: Tavily/Exa/Brave for gap-filling, trace back to Tier 1-2 originals
 
+Mandatory project search gateway:
+- Literature / reviews: `uv run python scripts/search.py "<query>" --route scholar --num-results 10 --year-low 2023`
+- Patents / FTO: `uv run python scripts/search.py "<query>" --route patents --num-results 10`
+- News / transactions: `uv run python scripts/search.py "<query>" --route news --num-results 10 --time-range m`
+- Generic gap-fill: `uv run python scripts/search.py "<query>" --route general --num-results 10`
+- Fast grounded fact-check (native model web search): `uv run python scripts/ground.py "<query>" --json`
+
+Record the routes used in the evidence file. Do not use Tavily / Exa / Brave MCP as the primary path for literature or patent searches.
+
 Search in **both English and Chinese** for each direction (Chinese sources critical for China market / NMPA / CSRC disclosures).
 
 ### Step 3: Source Scoring

.opencode/agents/dr-searcher.md

@@ -7,10 +7,14 @@ temperature: 0.1
 tools:
   read: true
   webfetch: true
+  bash: true
   skill: true
 permission:
   bash:
     "*": deny
+    "uv run python scripts/search.py *": allow
+    "uv run python scripts/ground.py *": allow
+    "python3 scripts/search.py *": allow
   edit: deny
   webfetch: allow
   task:
@@ -25,10 +29,13 @@ permission:
 
 1. 加载 `skill:search-strategy` 了解信源优先级与检索规则
 2. 加载 `skill:source-quality` 了解评分标准与黑名单
-3. 按调用方给定的关键词方向，执行 **3 轮检索**：
-   - 第 1 轮：英文关键词，优先 Tavily advanced 模式，锁定 Tier 1 域名
-   - 第 2 轮：中文关键词，查中文专业来源
-   - 第 3 轮：反方/限制性关键词（如 `limitations`, `adverse`, `failed`）
+3. 按调用方给定的关键词方向，执行 **3 轮检索**，必须优先使用项目搜索网关：
+   - 文献：`uv run python scripts/search.py "<query>" --route scholar --num-results 10 --year-low 2023`
+   - 专利：`uv run python scripts/search.py "<query>" --route patents --num-results 10`
+   - 新闻/行业动态：`uv run python scripts/search.py "<query>" --route news --num-results 10 --time-range m`
+   - 通用补漏：`uv run python scripts/search.py "<query>" --route general --num-results 10`
+   - 快速 grounding：`uv run python scripts/ground.py "<query>" --json`
+   - Tavily / Brave / Exa MCP 只能作为 gap-fill 或脚本不可用时的兜底
 4. 对每条候选信源按 source-quality 评分，过滤掉评分 < 5 及黑名单
 5. 整理输出，直接返回给调用方（不写文件）
 
@@ -43,6 +50,7 @@ permission:
 - 英文：...
 - 中文：...
 - 反方：...
+- Routes used: scholar / patents / news / general
 
 ### 信源列表（共 N 条，Tier 1-2）
 

.opencode/agents/dr-verifier.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 description: Cross-model verification agent (English). Uses non-Claude model (GPT-5.4) to do counter-evidence searching and fact-check on completed chapters, avoiding same-source bias. Scheduled by dr-pm after dr-analyst finishes each chapter.
 mode: subagent
 hidden: true
-model: zenmux/openai/gpt-5.4
+model: zenmux/openai/gpt-5.4-mini
 temperature: 0.2
 tools:
   read: true
@@ -10,12 +10,16 @@ tools:
   edit: false
   apply_patch: false
   webfetch: true
+  bash: true
   skill: true
 permission:
   edit: allow
   webfetch: allow
   bash:
     "*": deny
+    "uv run python scripts/search.py *": allow
+    "uv run python scripts/ground.py *": allow
+    "python3 scripts/search.py *": allow
   task:
     "*": deny
 ---
@@ -74,6 +78,12 @@ For each core claim, search:
 
 Run 3-5 webfetch queries per claim, prioritizing Tier 1-2 sources.
 
+Use the project search gateway before generic webfetch:
+- `uv run python scripts/search.py "<claim keyword> limitations failed controversy" --route scholar --num-results 10 --year-low 2023`
+- For patent/IP claims: `uv run python scripts/search.py "<claim keyword>" --route patents --num-results 10`
+- For news or transaction claims: `uv run python scripts/search.py "<claim keyword>" --route news --num-results 10 --time-range y`
+- For rapid independent spot checks: `uv run python scripts/ground.py "<claim keyword>" --json`
+
 ### Step 3: Data Sanity Check
 
 Verify all numbers in the chapter:

.opencode/commands/dr-apply-models.md

@@ -0,0 +1,33 @@
+---
+description: 将模型预设应用到 agent 文件。用法：/dr-apply-models <profile>
+agent: dr-pm
+---
+
+你是 dr-pm。把模型预设应用到 agent 配置文件。
+
+## 执行步骤
+
+1. 如果 `$ARGUMENTS` 为空，先列出可用 profile：
+
+```bash
+uv run python scripts/dr.py models --list
+```
+
+并提示用户至少选择 `simple / medium / premium` 之一。
+
+2. 如果 `$ARGUMENTS` 非空，执行 dry-run：
+
+```bash
+uv run python scripts/dr.py apply-models --profile "$ARGUMENTS" --target both --dry-run
+```
+
+3. 将 dry-run 结果展示给用户确认影响范围后，再执行实际应用：
+
+```bash
+uv run python scripts/dr.py apply-models --profile "$ARGUMENTS" --target both
+```
+
+4. 最后输出：
+- 采用的 profile
+- 更新的文件数与路径
+- 下一步建议（如需同步到本机 `.codex/**`，运行 `uv run python scripts/install_codex_adapter.py --force`）

.opencode/commands/dr-finalize.md

@@ -1,11 +1,11 @@
 ---
-description: Phase 4 - 成稿（v0.6）。dr-editor-in-chief 写 ES/Abstract/Glossary，然后调 Python 脚本链路：translate → build_glossary → apply_glossary → polish → build_report。用法：/dr-finalize [slug]
+description: Phase 4 - 成稿（v0.12）。dr-editor-in-chief 写 ES/Abstract/Glossary，然后调统一 Python pipeline（phase4_pipeline.py）。用法：/dr-finalize [slug]
 agent: dr-editor-in-chief
 ---
 
-你是 dr-editor-in-chief。用户执行了 `/dr-finalize $ARGUMENTS`，进入 Phase 4 成稿链路（v0.6 架构）。
+你是 dr-editor-in-chief。用户执行了 `/dr-finalize $ARGUMENTS`，进入 Phase 4 成稿链路（v0.12 架构）。
 
-## 架构变更说明（v0.6）
+## 架构变更说明（v0.12）
 
 **Phase 4 的翻译/润色/出稿已从 LLM agent 改为 Python 脚本**。原因：
 - LLM agent 一次性处理整篇报告（19k+ 词）会超 Sonnet output token 上限（~32k），不稳定
@@ -40,57 +40,40 @@ agent: dr-editor-in-chief
 - 给每章强加 SCQA 或小节标题
 - 保留调度元数据（字数配额/研究员/quota 等）
 
-## Step 3: 翻译（Python 脚本）
+## Step 3: 执行统一 Phase 4 pipeline（Python 脚本）
 
 ```bash
-uv run python scripts/translate.py <slug>
+uv run python scripts/phase4_pipeline.py <slug>
 ```
 
-完成条件：`phase4/final_zh.md` 生成且字数 ≥ 目标字数的 90%。如未达标，`--force` 强制重跑。
+默认行为：
+- 自动估算 translate / polish 并发
+- glossary 仅核查低置信度术语（`--glossary-mode low-confidence`）
+- 统一串联 translate → glossary(optional) → apply_glossary → polish → build_report
 
-## Step 4: 术语表核查（强烈推荐）
+可选参数示例：
 
 ```bash
-uv run python scripts/build_glossary.py <slug> --workers 4
+uv run python scripts/phase4_pipeline.py <slug> --glossary-mode full
+uv run python scripts/phase4_pipeline.py <slug> --glossary-mode off
 ```
 
-完成后查看 `phase4/glossary.json`：
-- `confidence == "high"` 且 `issue` 非空的条目：说明发现了错误，需要回塑到正文
-- 关注公司名 / 机构名 / 产品名类，它们最容易有拼写错误
+完成条件：`phase4/final_zh_polished.md`、PDF、DOCX 全部生成，且无致命报错。
 
-## Step 5: 应用术语修正（Python 脚本）
+## Step 4: （可选）分步重跑
 
-```bash
-# 先预览
-uv run python scripts/apply_glossary.py <slug> --input phase4/final_zh.md --dry-run
-
-# 确认无误后应用
-uv run python scripts/apply_glossary.py <slug> --input phase4/final_zh.md
-```
-
-这会把 glossary 中发现的拼写错误 / 错译直接替换进 `final_zh.md`。
-如润色后仍需二次复核，可手动对 `final_zh_polished.md` 再运行一次：
-`uv run python scripts/apply_glossary.py <slug> --input phase4/final_zh_polished.md --dry-run`。
-
-## Step 6: 润色（Python 脚本）
-
-```bash
-uv run python scripts/polish.py <slug>
-```
-
-输出：`phase4/final_zh_polished.md`。查看 `phase4/polish_notes.jsonl` 了解模型标记的异常点。
-
-## Step 7: 出稿（Python 脚本）
-
-```bash
-uv run python scripts/build_report.py <slug>
-```
+当你只想重跑单环节时，仍可手动调用：
+- `translate.py`
+- `build_glossary.py`
+- `apply_glossary.py`
+- `polish.py`
+- `build_report.py`
 
 自动：
 - 按 `manifest.report_title` 命名输出（`<Title>.pdf` + `<Title>.docx`）
 - PDF 自动插 TOC + 从 `phase2/sources.jsonl` 生成参考文献
 
-## Step 8: 更新 manifest
+## Step 5: 更新 manifest
 
 ```json
 {
@@ -115,7 +98,7 @@ uv run python scripts/build_report.py <slug>
 }
 ```
 
-## Step 9: 汇报
+## Step 6: 汇报
 
 向用户展示：
 - 各阶段耗时和成本

.opencode/commands/dr-models.md

@@ -0,0 +1,31 @@
+---
+description: 查看或解析模型预设。用法：/dr-models [profile]
+agent: dr-pm
+---
+
+你是 dr-pm。目标是把当前模型预设解析成清晰结果，并给出可执行命令。
+
+## 执行步骤
+
+1. 如果 `$ARGUMENTS` 为空：运行
+
+```bash
+uv run python scripts/dr.py models
+```
+
+2. 如果 `$ARGUMENTS` 非空：把它当作 profile，运行
+
+```bash
+uv run python scripts/dr.py models --profile "$ARGUMENTS"
+```
+
+3. 输出结果时必须包含：
+- 当前 profile 名称
+- 各角色模型映射（至少 dr_plan / dr_pm / dr_analyst / dr_verifier / translate / polish / glossary）
+- 一条可复制命令，用于 Phase 4 指定该 profile：
+
+```bash
+uv run python scripts/dr.py finalize <slug> --model-profile <profile>
+```
+
+4. 如果 profile 不存在，提示可用 profile 并建议 `simple / medium / premium` 三档。

.opencode/opencode.json

@@ -113,7 +113,7 @@
       "environment": {
         "TAVILY_API_KEY": "{env:TAVILY_API_KEY}"
       },
-      "enabled": true
+      "enabled": false
     },
     "brave-search": {
       "type": "local",
@@ -121,7 +121,7 @@
       "environment": {
         "BRAVE_API_KEY": "{env:BRAVE_API_KEY}"
       },
-      "enabled": true
+      "enabled": false
     },
     "exa": {
       "type": "local",
@@ -129,7 +129,7 @@
       "environment": {
         "EXA_API_KEY": "{env:EXA_API_KEY}"
       },
-      "enabled": true
+      "enabled": false
     }
   },
   "permission": {

.opencode/skills/search-strategy/SKILL.md

@@ -82,7 +82,46 @@ description: 生物医药深度研究的统一检索策略。规定信源优先
 
 ---
 
-## 三、API 调用顺序（技术栈，v0.8 更新）
+## 三、强制工具入口（v0.12）
+
+所有 agent 做联网检索时，**优先调用项目内 Python 网关**，不要直接把 Tavily / Brave / Exa MCP 当成主路径：
+
+```bash
+uv run python scripts/search.py "<query>" --route scholar --num-results 10 --year-low 2023
+uv run python scripts/search.py "<query>" --route patents --num-results 10
+uv run python scripts/search.py "<query>" --route news --num-results 10 --time-range m
+uv run python scripts/search.py "<query>" --route general --num-results 10
+uv run python scripts/search.py "<query>" --profile china_market --num-results 10 --trace
+uv run python scripts/ground.py "<query>" --model google/gemini-3.1-flash-lite-preview --json
+```
+
+也可以按研究场景跑 profile：
+
+```bash
+uv run python scripts/search.py "<query>" --profile biomed_literature --num-results 10 --year-low 2023
+uv run python scripts/search.py "<query>" --profile patent_heavy --num-results 10
+```
+
+**原因**：
+- Python 网关在 repo 内，可被 OpenCode / Codex / Gemini CLI / Claude Code 共同复用。
+- `--route patents` 固定优先 Serper + Google Patents，避免专利检索被 Tavily 普通网页结果替代。
+- `--route scholar` 固定优先 Serper Scholar，避免论文检索只停留在通用网页摘要。
+- 专用 route（scholar/patents/news）默认 `--strict-specialized`，Serper 异常时应显式失败，不允许静默降级。
+- Tavily / Exa / Brave 只作为 gap-fill 或 MCP 兜底，不作为文献/专利主路径。
+
+每个检索小结必须写明实际使用过的 route，例如：
+
+```text
+Routes used: scholar, patents, general
+```
+
+如果由于缺 key 或 API 错误无法调用 Serper，必须在输出中明确写（且建议重新执行，不直接进入正文证据）：
+
+```text
+Serper unavailable: <原因>; fallback used: general site:patents.google.com
+```
+
+## 四、API 调用顺序（技术栈，v0.11 更新）
 
 **按"查询类型"路由到最合适的 API**，而不是一律走通用搜索。
 
@@ -114,24 +153,23 @@ description: 生物医药深度研究的统一检索策略。规定信源优先
 ### Serper（google.serper.dev）使用模板
 
 **专利检索**：
-```python
-from scripts.lib.search_client import SearchClient
-with SearchClient() as c:
-    hits = c.patents("dual-target siRNA GalNAc", num_results=10)
+```bash
+uv run python scripts/search.py "dual-target siRNA GalNAc" --route patents --num-results 10
 ```
 
 **学术论文**：
-```python
-hits = c.scholar("dual-target RNAi 2024", num_results=10, year_low=2023)
-# hits[i].snippet 里包含引用数和期刊信息
+```bash
+uv run python scripts/search.py "dual-target RNAi 2024" --route scholar --num-results 10 --year-low 2023
 ```
 
 **新闻（时效性）**：
-```python
-hits = c.news("Arrowhead ARO-DIMER-PA clinical trial", time_range="w")  # 最近一周
+```bash
+uv run python scripts/search.py "Arrowhead ARO-DIMER-PA clinical trial" --route news --num-results 10 --time-range w
 ```
 
-### Tavily MCP 调用模板（通用网页 - Phase 1 初扫）
+### Tavily MCP 调用模板（兜底，不作为主路径）
+
+仅当 `scripts/search.py` 不可用，或需要 MCP 特有能力时使用。通用网页结果必须回溯到 Tier 1-2 原始来源。
 ```
 工具名：tavily_search
 参数：
@@ -171,7 +209,7 @@ curl -s "https://api.fda.gov/drug/event.json?search=patient.drug.medicinalproduc
 
 ---
 
-## 四、关键词策略
+## 五、关键词策略
 
 ### 中英双语必备
 - 任何生物医药主题**必须同时用中英文检索**
@@ -195,7 +233,7 @@ curl -s "https://api.fda.gov/drug/event.json?search=patient.drug.medicinalproduc
 
 ---
 
-## 五、每条信源的提取字段（标准化）
+## 六、每条信源的提取字段（标准化）
 
 任何信源进 `sources.jsonl` 必须有以下字段：
 
@@ -225,7 +263,7 @@ curl -s "https://api.fda.gov/drug/event.json?search=patient.drug.medicinalproduc
 
 ---
 
-## 六、失败兜底
+## 七、失败兜底
 
 - 某个 API 限流/超时：**等 5s 重试 3 次**，仍失败则跳过并在日志标注
 - 某个信源 404：在 sources.jsonl 标 `"dead_link": true`，不删除（审计用）
@@ -233,7 +271,7 @@ curl -s "https://api.fda.gov/drug/event.json?search=patient.drug.medicinalproduc
 
 ---
 
-## 七、硬规则总结
+## 八、硬规则总结
 
 1. ✅ 每 section 至少 4 轮检索
 2. ✅ 中英双语必查
@@ -241,6 +279,8 @@ curl -s "https://api.fda.gov/drug/event.json?search=patient.drug.medicinalproduc
 4. ✅ 反方关键词必查
 5. ✅ Tier 4 结果只做发现，不做佐证
 6. ✅ 所有信源写入 sources.jsonl 并评分
-7. ❌ 不得引用 Wikipedia 做结论
-8. ❌ 不得编造数据、URL、DOI
-9. ❌ 不得使用黑名单信源
+7. ✅ 文献检索必须优先 `scripts/search.py --route scholar`
+8. ✅ 专利检索必须优先 `scripts/search.py --route patents`
+9. ❌ 不得引用 Wikipedia 做结论
+10. ❌ 不得编造数据、URL、DOI
+11. ❌ 不得使用黑名单信源