v0.9: parallelize phase4 and add model/search playbooks
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kai
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# Codex Usage
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> v0.9 的 Codex 兼容是第一阶段：不复刻 OpenCode subagent，而是沿用 AGENTS.md 的研究规则和 Python 脚本流水线。Codex 负责规划、审阅、修补、执行脚本；确定性编排交给脚本。
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## Setup
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```bash
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cd /Users/tankai/Documents/Projects/deep_research
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source scripts/activate.sh
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```
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Codex 会读取项目根目录的 `AGENTS.md`，研究方法、信源分级、输出规范仍与 OpenCode 一致。
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## Recommended Codex Workflow
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### Phase 1-3
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OpenCode 仍是主入口，因为 `.opencode/commands` 与 subagent 调度已经稳定：
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```bash
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opencode
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/dr-init <topic>
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/dr-frame <slug>
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/dr-research <slug>
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/dr-review <slug>
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```
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Codex 可用于：
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- 审阅 `framework.md` 和 `critique.md`
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- 修正文档、脚本和配置
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- 运行静态检查、引用检查和出稿脚本
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- 对某个章节做人工式复核建议
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### Phase 4
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Codex 可直接运行 Python 化流水线：
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```bash
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uv run python scripts/translate.py <slug> --workers 4
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uv run python scripts/build_glossary.py <slug> --workers 4
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uv run python scripts/apply_glossary.py <slug> --input phase4/final_zh.md --dry-run
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uv run python scripts/apply_glossary.py <slug> --input phase4/final_zh.md
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uv run python scripts/polish.py <slug> --workers 4
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uv run python scripts/build_report.py <slug>
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```
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网络不稳时：
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```bash
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uv run python scripts/translate.py <slug> --workers 1
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uv run python scripts/polish.py <slug> --workers 1
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uv run python scripts/build_glossary.py <slug> --workers 3
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```
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## Git Hygiene
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本仓库常有大量 `projects/**` 研究产物处于修改状态。Codex 提交系统迭代时必须只 stage 相关系统文件：
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```bash
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git add README.md PLAN.md docs configs scripts .opencode/commands/dr-finalize.md
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git diff --staged --name-only
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```
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提交前确认 staged 列表不包含：
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- `projects/**`
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- 已生成 PDF/DOCX/TXT
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- 临时检查脚本或一次性研究产物
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## What Codex Should Not Do Yet
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- 不直接替代 OpenCode 的 `/dr-research` 多 agent 调度。
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- 不在 Codex 内复刻 dr-analyst/dr-verifier 的长流程并行。
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- 不把普通网页当作 Tier 1-2 证据。
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- 不在未检查 staged 列表前 commit。
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## Future Platform Adapters
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后续 Gemini CLI / Claude Code 兼容应沿用同一原则：
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1. 共享 `AGENTS.md` 方法论。
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2. 共享 `scripts/` 的确定性流水线。
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3. 平台只提供交互、审阅、调度或修补能力。
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4. 不为每个平台复制一套研究逻辑。
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# Model Playbook
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> v0.9 起，本文件作为模型选择攻略本。`.opencode/opencode.json` 仍是 OpenCode 的模型白名单，`configs/model_profiles.yaml` 是跨平台策略参考。
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## Profiles
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### premium
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用于高价值、长上下文、强叙事任务。成本最高，但最稳。
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- dr-plan：Claude Opus 4.7（cache）
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- dr-editor-in-chief：Claude Opus 4.7（cache）
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- dr-pm / dr-analyst：Claude Sonnet 4.6（cache）
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- dr-chief-editor：Gemini 3.1 Pro Preview
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- dr-verifier：GPT-5.4
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- translate / polish：Claude Sonnet 4.6
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适用：投资报告、管理层决策报告、需要交付 PDF/DOCX 的正式项目。
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### balanced
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默认推荐。保留关键环节的强模型，把机械任务交给更便宜模型。
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- dr-plan：Claude Opus 4.7（cache）
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- dr-editor-in-chief：Claude Opus 4.7（cache）
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- dr-pm / dr-analyst：Claude Sonnet 4.6（cache）
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- dr-searcher：Claude Haiku 4.5
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- dr-verifier：Qwen3.6 Plus 或 GPT-5.4
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- translate / polish：Claude Sonnet 4.6，`--workers 4`
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适用：大多数 10,000-35,000 中文字报告。
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### budget
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用于探索性研究或内部草稿。牺牲部分风格和深度，换取成本控制。
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- dr-plan：Claude Sonnet 4.6 或 Qwen3.6 Plus
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- dr-editor-in-chief：Claude Sonnet 4.6
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- dr-analyst：Qwen3.6 Plus / DeepSeek V3.2
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- dr-verifier：MiniMax M2.7 / Kimi K2.5
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- translate / polish：Qwen3.6 Plus 或 Claude Haiku 4.5（需要人工抽检）
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适用：快速扫盘、预研、内部初稿。不建议直接用于最终交付。
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### cn-heavy
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用于中国市场、NMPA、企业工商/中文媒体密集场景。
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- dr-analyst：Claude Sonnet 4.6 + Qwen3.6 Plus 交叉
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- dr-verifier：Qwen3.6 Plus
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- dr-searcher：Haiku + Serper/Brave 中文关键词
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- translate / polish：Claude Sonnet 4.6
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适用：中国药企、国产替代、供应链、政策环境、中文专有名词较多的研究。
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### verifier
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用于交叉模型验证，避免同模型同偏差。
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- 首选：GPT-5.4
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- 备用：Qwen3.6 Plus
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- 低成本：MiniMax M2.7 / Kimi K2.5
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规则：dr-verifier 不使用 Claude 家族，除非用户明确接受同源偏差风险。
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## Switching Rules
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- 高层结构、最终合稿、Executive Summary：优先 Opus。
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- 章节深研：Sonnet 是默认；预算敏感时用 Qwen/DeepSeek，但必须加强 verifier。
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- 事实核查与术语核查：优先 Haiku + 搜索 API；低置信度条目人工复核。
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- 翻译与润色：默认 Sonnet；并发提速优先调 `--workers`，不要盲目换便宜模型。
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- 限流时：先降并发，再换模型。
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## Operational Defaults
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```bash
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uv run python scripts/translate.py <slug> --workers 4 --model anthropic/claude-sonnet-4.6
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uv run python scripts/polish.py <slug> --workers 4 --model anthropic/claude-sonnet-4.6
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uv run python scripts/build_glossary.py <slug> --workers 4 --model anthropic/claude-haiku-4.5
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```
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# Search API Playbook
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> v0.9 起，本文件作为搜索 API 选择攻略本。搜索返回本身多为发现入口，结论支撑仍以 AGENTS.md 的 Tier 1-2 信源为准。
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## Search Sources
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### Tavily
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- 优点：LLM 友好，摘要质量稳定，适合快速发现方向。
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- 用法：初扫、普通网页、报告线索、交叉补漏。
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- 风险：不能把普通网页当结论支撑，必须追溯原始来源。
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### Exa
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- 优点：neural search，对官网、公司页、长尾专业内容召回好。
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- 用法：术语核查、公司/产品名纠错、专业网页发现。
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- 风险：macOS 代理环境容易 TLS EOF，项目内 `SearchClient` 已使用 `trust_env=False` 绕开系统代理。
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### Brave
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- 优点：独立搜索引擎，适合与 Tavily/Exa 交叉验证。
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- 用法：Phase 1 初扫、反方证据、中文/英文混合搜索。
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- 风险：结果质量波动，需要人工筛 Tier。
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### Serper
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- 优点：Google Search / Scholar / News 代理，免费额度较高。
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- 用法：Google Scholar、Google Patents、新闻时效检索。
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- 风险：专利是 `site:patents.google.com` 技巧，不等同官方专利库。
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### PubMed / NCBI
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- 优点：生物医药论文的一手入口。
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- 用法：机制、临床、系统综述、meta 分析。
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- 风险：无 API key 限流较低；摘要不足以替代全文判断。
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### ClinicalTrials.gov / ChiCTR
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- 优点：临床试验注册的一手来源。
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- 用法：管线、适应症、试验阶段、终点设计、入组状态。
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- 风险：注册信息不等于结果；需要结合论文、公司披露、监管文件。
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### openFDA / FDA / EMA / NMPA
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- 优点：监管公告与标签信息，Tier 1。
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- 用法：批准状态、安全性、适应症、审评文件。
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- 风险：不同监管地区口径不同，必须注明地区与日期。
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### Patents
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- 优点：IP 与工艺路线研究的核心证据。
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- 用法：Google Patents、USPTO、EPO、CNIPA。
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- 风险：专利文本难读，权利要求和实施例要分开判断。
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## Recommended Profiles
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### biomed_literature
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PubMed / NCBI → ClinicalTrials → FDA/EMA/NMPA → Serper Scholar → Tavily/Exa 补漏。
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### patent_heavy
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Google Patents/Serper → USPTO/EPO/CNIPA → 公司年报/招股书 → Tavily/Exa 补同族专利线索。
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### china_market
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NMPA/CDE → 港交所/上交所/深交所披露 → 中文专业数据库/媒体 → Brave/Serper 中文搜索。
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### investment
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SEC/交易所披露 → Evaluate/IQVIA/咨询报告 → 公司公告 → 新闻仅作时效入口。
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## Failure Handling
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- 大量 SSL/TLS 错误：先把 workers 降到 3，再重跑。
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- API 限流：保留缓存结果，断点续跑，不要强制 `--force`。
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- 搜索返回普通网页：只做线索，继续追原始论文、监管、专利或公司披露。
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- 中英文译名冲突：写入 glossary，标 medium/low confidence，交人工复核。
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