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name: citation-manager
description: 引用管理规范。规定 [src_xxx] 编号体系、sources.jsonl 字段标准、跨章节去重规则、参考文献列表生成格式（GB/T 7714）。
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# 引用管理规范

## 一、src_id 编号规则

### 全局唯一编号

`src_id` 在整个项目内**全局唯一**，格式：`src_XXX`（3 位数字，不足补零）。

- 由 dr-analyst 在首次引用时分配
- 按发现顺序递增：`src_001`, `src_002`, ...
- 跨章节引用同一来源时，使用**相同 ID**

### 分配流程

1. dr-analyst 发现一条新信源
2. 读取 `projects/<slug>/phase2/sources.jsonl`，找当前最大 ID
3. 分配下一个 ID（如当前最大为 `src_023`，下一个为 `src_024`）
4. 写入 sources.jsonl

### 草稿中的引用格式

行内引用：`数据或观点 [src_042]`

多来源：`数据或观点 [src_042][src_058]`

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## 二、sources.jsonl 字段标准

每行一个 JSON 对象（JSONL 格式）：

```jsonl
{
  "id": "src_001",
  "tier": 1,
  "score": 8.5,
  "type": "journal",
  "title": "论文标题",
  "authors": ["Zhang S", "Li M"],
  "year": 2024,
  "venue": "Nature Medicine",
  "impact_factor": 58.7,
  "url": "https://doi.org/10.1038/...",
  "doi": "10.1038/...",
  "accessed_at": "2026-04-20",
  "abstract": "2-3句摘要",
  "key_data": {
    "sample_size": 1200,
    "primary_endpoint": "OS 改善 23%"
  },
  "used_in": ["ch02", "ch05.sec3"],
  "conflict_of_interest": null,
  "notes": "RCT 主要终点数据在 Table 2"
}
```

### type 字段枚举值

| 值 | 含义 |
|---|---|
| `journal` | 期刊论文（含综述） |
| `trial` | 临床试验（ClinicalTrials.gov 注册信息） |
| `regulatory` | 监管机构公告/审批文件 |
| `patent` | 专利文件 |
| `report` | 咨询/行业报告 |
| `disclosure` | 上市公司披露（年报/招股书/SEC）|
| `preprint` | 预印本（bioRxiv/medRxiv）|
| `news` | 专业媒体报道（Tier 3 用） |

### 必填字段

`id`, `tier`, `score`, `type`, `title`, `year`, `url`（或 `doi`）

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## 三、去重规则

dr-pm 在 Phase 2 结束时执行去重：

```python
# 伪代码
seen_urls = {}
seen_dois = {}
unique_sources = []

for source in all_sources:
    key = source.get("doi") or source.get("url")
    if key not in seen_urls:
        seen_urls[key] = True
        unique_sources.append(source)
    else:
        # 合并 used_in 字段
        existing = seen_urls[key]
        existing["used_in"] = list(set(existing["used_in"] + source["used_in"]))
```

去重后，草稿文件里的 [src_xxx] 标注**不需要更改**，因为 ID 是全局分配的。

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## 四、参考文献列表生成（GB/T 7714-2015）

dr-reporter 从 sources.jsonl 生成参考文献列表时，按以下格式：

### 期刊论文
```
[src_001] ZHANG S, LI M. 论文标题[J]. Nature Medicine, 2024, 30(5): 1234-1245. DOI: 10.1038/...
```

### 报告/白皮书
```
[src_042] McKinsey & Company. 报告标题[R]. McKinsey Global Institute, 2024.
```

### 监管文件
```
[src_018] FDA. NDA 申请审批公告[EB/OL]. (2024-03-15)[2026-04-20]. https://www.fda.gov/...
```

### 临床试验
```
[src_055] ClinicalTrials.gov. 试验名称 (NCT12345678)[EB/OL]. (2023-01-01)[2026-04-20]. https://clinicaltrials.gov/...
```

### 专利
```
[src_067] 发明人. 专利名称[P]. 专利号, 申请日.
```

### 排序规则

参考文献按在正文中**首次出现的顺序**排列，即 [src_001] 在最前，以此类推。

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## 五、脚注使用边界

脚注不是行内引用的替代品，也不用于重复输入材料中已经被正文自然承载的事实。脚注只在以下场景使用：

- **法规原文或条款定位**：正文需要引用法规要求，但完整条款会打断叙事时，脚注写明法规名称、章节/条款和关键原文。
- **关键资料原文**：原文措辞本身会影响判断强度，且正文只保留管理结论时，脚注可放短摘录。
- **补充背景或术语解释**：正文读者可能需要额外背景，但展开会破坏行文节奏。
- **版权或使用限制说明**：图表、第三方材料、内部材料使用边界需要单独说明时。

禁止事项：

- 不要把“某份输入材料说过什么”机械搬到脚注；这类事实应通过正文和数字引用解决。
- 不要为每个本地材料引用都加脚注；脚注应少而精，优先服务关键判断。
- 不要用脚注堆砌证据，核心证据仍应进入正文或证据表。

推荐格式：

```markdown
正文关键判断<sup>[12]</sup>。[^1]

[^1]: ICH Q10《Pharmaceutical Quality System》第 4.1 节要求管理评审输入覆盖“results of regulatory inspections and findings, audits and commitments”，并纳入 CAPA、变更以及上次管理评审行动。
```

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## 六、引用完整性检查（dr-chief-editor 用）

审校时检查：
1. 正文中所有 [src_xxx] 都在 sources.jsonl 里有对应记录
2. sources.jsonl 里所有 ID 在正文中都有引用（无孤立信源）
3. 所有 Tier 1 信源的 URL 或 DOI 格式正确

检查脚本（可用 bash 执行）：
```bash
# 提取正文中的所有 src_id
grep -oE 'src_[0-9]+' projects/<slug>/phase4/final.md | sort -u > /tmp/cited.txt

# 提取 sources.jsonl 中的所有 id
python3 -c "
import json
ids = []
with open('projects/<slug>/phase2/sources.jsonl') as f:
    for line in f:
        d = json.loads(line)
        ids.append(d['id'])
print('\n'.join(sorted(ids)))
" > /tmp/registered.txt

# 找差集
diff /tmp/cited.txt /tmp/registered.txt
```