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Root cause: apply_patch finds anchor lines in read-cached file state, but file may have been modified between read and patch, causing stalls. Changes: - dr-verifier: disable apply_patch AND edit; force read-then-write protocol for evidence file appends - dr-analyst: document write-preferred protocol for sources.jsonl appends - dr-polisher: disable apply_patch; keep edit for small string replacements - dr-editor-in-chief / dr-translator: disable apply_patch Recovery procedure documented in dr-verifier for write failures.
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Phase 1 访谈记录 · dual-target-rnai-pipeline-2026
- 访谈日期：2026-04-21
- 主导 agent：dr-plan (Claude Opus 4.7)
- 用户输入命令：
/dr-init 双靶点RNAi药物研发进展和国内外在研管线
1. 主题解析
- 用户原始主题：双靶点 RNAi 药物研发进展和国内外在研管线
- 生成 slug：
dual-target-rnai-pipeline-2026 - 项目根目录：
projects/dual-target-rnai-pipeline-2026/
2. 初始边界追问（dr-plan 提出）
为厘清"双靶点"的语义边界，dr-plan 指出其可能的三种定义：
- 同一条 siRNA 链同时沉默两个基因（共价偶联/串联）
- 一个制剂中混配两条 siRNA（cocktail / fixed-dose combination）
- 多价 GalNAc 骨架挂载多条 siRNA
并提出 8 个标准问题。
3. 用户回答（原话记录）
| # | 问题 | 用户回答 |
|---|---|---|
| 1 | 研究类型 | A — 综述类（≥10,000 字） |
| 2 | 核心受众 | 研发团队 |
| 3 | 时间范围 | 近 5 年 |
| 4 | 地理范围 | 全球对比 |
| 5 | 必须回答的核心问题 | 国内外在研双靶点 RNAi 管线及关键技术壁垒，尤其是序列合成、偶联化学等 |
| 6 | 竞争/对比对象 | 全面分析，主要是分析这些公司工艺特点，挖掘其中供应链的机会，例如工业用酶原料、无细胞表达、固定化酶催化等 |
| 7 | 禁区 | 聚焦原理和工艺，不展开讨论适应症，报告对象是上游供应链 |
| 8 | 字数期望 | auto |
4. dr-plan 的关键解读（与用户对齐）
用户真实诉求并非标准"药企管线研究"，而是上游供应链视角的工艺解构报告：
- 表层：双靶点 RNAi 的研发进展与管线
- 内核：通过管线倒推各家合成与偶联工艺特点 → 识别上游供应链机会
- 受众：上游原料 / 酶 / 工艺研发团队
- 禁区：适应症与临床数据仅作进度标签
- 字数：综述 auto = ≥10,000 中文字 / ~7,000 英文词
此解读已在 Step 4 候选标题中显式化，用户选择候选 A 表示认可该定位。
5. 候选报告标题（dr-plan 提议）
候选 A（推荐 —— 用户最终选定 ✅）
- 主标题：《双靶点 RNAi 药物工艺图谱与上游供应链机会研究》
- 副标题：近 5 年全球在研管线的合成、偶联与酶催化技术路径解构（2021–2026）
- 推荐理由：直接暴露"工艺图谱 + 供应链机会"两个核心落点；副标题把用户关心的工业用酶、无细胞表达、固定化酶全部框进去；时间范围显性化。
候选 B
- 主标题：《双靶点 siRNA 合成与偶联工艺深度综述》
- 副标题：从全球在研管线反推上游酶、原料与规模化催化的产业化机会
候选 C
- 主标题：《双靶点 RNAi 产业链上游机会白皮书》
- 副标题：工业酶、无细胞表达与固定化催化在下一代寡核苷酸药物中的卡位战（2021–2026）
6. 用户选择
A
最终报告标题：
- 主标题：双靶点 RNAi 药物工艺图谱与上游供应链机会研究
- 副标题：近 5 年全球在研管线的合成、偶联与酶催化技术路径解构（2021–2026）
7. 字数预算计算（按 length-budget skill）
- 研究类型：综述类 → 基准 10,000 中文字
- 字数模式：auto → 采用基准 × 1.2 作为目标（给后续发散空间），× 1.0 作为下限
- 目标字数：12,000 中文字 / ≈ 8,600 英文词
- 最低字数：10,000 中文字 / ≈ 7,150 英文词
- 工作语言：English（Phase 2-3）
- 输出语言：中文（Phase 4 翻译）
8. 下一步
- ✅ 已创建
manifest.json - ✅ 已创建目录骨架（phase1-4）
- ⏭️ 等待用户运行
/dr-frame触发 Phase 1 框架规划（双语大纲）