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kaiandUser <human> 1b47b50d3c v0.6-wip: Python-based Phase 4 translation pipeline
架构变更:把 dr-translator 从 opencode agent 降级为 Python 脚本编排下的 LLM
调用。根本原因是 agent 一次性处理 19k 英文词整文,单次 output token 接近
Sonnet 4.6 上限(~32k),多次重跑都卡在同一个坑里——问题是架构本身,不是
prompt。

新架构:

scripts/lib/zenmux_client.py     HTTP 客户端,指数退避重试、token 统计
                                  JSONL 日志、secrets.env 自动加载
scripts/lib/markdown_chunker.py   按 H1/H2 切块,稳定 anchor ID(order+title
                                  sha1),支持合并/统计
scripts/prompts/translate_system.txt  英译中 prompt,用自定义 <<<TRANSLATION>>>
                                       分隔符格式(规避 Markdown-in-JSON 问题)
scripts/prompts/polish_system.txt     中文润色 prompt(留给下一步 polish.py)
scripts/translate.py              主入口:章节级切块 → 逐块翻译 → 拼接

关键设计:
- 0 依赖 LLM 遵从性:Python 控制切块/循环/重试,LLM 只做单块翻译
- 断点续传:每块翻译完立即写 phase4/zh_chunks/<order>-<anchor>.md
- 术语表累积:每块的 glossary_patch 合并回 phase4/glossary.json
- 失败隔离:单块失败不影响其他块,重跑只补缺
- 调试友好:--only N,M / --limit K / --force

实测(dual-target-rnai-pipeline-2026):
- 63 块全部成功,17 分钟,$1.70
- 33,441 中文字(符合"研究类 ≥30,000 字"硬标准)
- 310 条双语术语
- 翻译质量:接近母语咨询分析师写作

下一步:polish.py(按 H2 section 润色)、merge_chapters.py(从 phase2/drafts
合并生成 final_en.md)、重构 dr-editor-in-chief 调度脚本、更新 /dr-finalize。

Co-authored-by: User <human>
2026-04-22 10:43:43 +08:00

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## 6.2 深共熔溶剂中的交联酶聚集体脂肪酶:单步去对称化消除保护基化学
用于siRNA偶联的2-乙酰氨基-2-脱氧-D-半乳糖(GalNAc)衍生物的化学合成,每条臂需要3至5步保护基操作,在4至6步序列中累计总收率≤41%[src_C10]。在深共熔溶剂(Deep Eutectic SolventDES)中采用交联酶聚集体(Cross-Linked Enzyme AggregatesCLEA)脂肪酶去对称化,可将上述步骤压缩为一至两步酶促反应;据报道,N-乙酰己糖胺二乙酸酯底物的对映体过量值(ee)根据DES组成和底物浓度不同,可达93%至>99%[src_C09]。与化学路线相比,该方法通过消除乙酸酐(Ac₂O)、三氟甲磺酸(TfOH)及脱保护碱的化学计量用量,原子经济性提升40%至60%[src_C10]。
CLEA-LentiKats制剂(Guajardo等,*J Biotechnol* 2020)的制备分两步:先通过戊二醛交联将南极假丝酵母脂肪酶B(Candida antarctica lipase B)制成CLEA,再将聚集体包埋于LentiKats聚乙烯醇(PVA)水凝胶颗粒中[src_C10]。加入20%(v/v)水性缓冲液作为共溶剂,可在维持酶稳定性的同时将DES黏度降低至适合泵驱动连续流的水平。该制剂在未经优化的条件下已实现≥6个操作循环,每升累计产出10 g产物——由于DES中可达到更高的底物浓度(操作窗口为50 mM至1 M,而依赖辅因子的糖基转移酶仅为0.1至10 mM),其时空产率比等效溶液相反应高3至4倍[src_C10]。
CLEA-LK脂肪酶对流动反应器的适配性较高。LentiKats扁豆形微珠(直径约1至2 mm)填充床中的停留时间分布近似活塞流,可将停留时间精确控制在ee最大值对应的点,从而避免搅拌釜式反应器中因过度反应导致的外消旋化而使ee下降。载体兼容性仅限于不溶于DES且机械强度高的材料:LentiKats(交联PVA)和环氧甲基丙烯酸酯共聚物微珠符合要求,标准硅胶和琼脂糖则不适用[src_C08, src_C10]。DES工艺在法规层面面临的挑战在于溶剂表征:氯化胆碱/尿素(reline)和氯化胆碱/甘油均未被ICH Q3C分类,任何IND申报包均需进行自定义的每日可接受摄入量计算。